Yves Dupont a été chercheur à l'INRA-Paris (1975-1990), maître de conférences puis Professeur de socioanthropologie à l'Université de Caen (1991-2006) et depuis 2006, Professeur émérite et membre du Conseil scientifique du Comité de recherche et d'information indépendante sur le génie génétique (CRIIGEN).  

Il a été directeur, en collaboration avec Corinne Lepage du Dictionnaire des risques (2003, A Collin). Selon lui  : «  Nos sociétés qui se veulent les plus protectrices de la planète ont découvert qu'elles étaient essentiellement fragiles : risques industriel, écologique,épidémiologique, politique, terroriste, etc  ». Il est l'auteur en 2014 de l'Université en miette (L'échappée), un essai critique sur ce que les « spécialistes » ont improprement qualifié de « crise de l’université », résultat en réalité de l'hybridation de «  la tentation technocratique et bureaucratique d’un côté et l’adhésion à l’idéologie néolibérale et managériale de l’autre  », dans culte «  du progrès associé aux avancées des technosciences  » .